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拟南芥黄化突变体k60的基因作图定位

戴楠, 袁光孝, 刘小敏, 高宏波

戴楠, 袁光孝, 刘小敏, 高宏波. 拟南芥黄化突变体k60的基因作图定位[J]. 北京林业大学学报, 2017, 39(7): 40-45. DOI: 10.13332/j.1000-1522.20170085
引用本文: 戴楠, 袁光孝, 刘小敏, 高宏波. 拟南芥黄化突变体k60的基因作图定位[J]. 北京林业大学学报, 2017, 39(7): 40-45. DOI: 10.13332/j.1000-1522.20170085
DAI Nan, YUAN Guang-xiao, LIU Xiao-min, GAO Hong-bo. Genetic mapping of a chlorosis mutant k60 in Arabidopsis thaliana[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2017, 39(7): 40-45. DOI: 10.13332/j.1000-1522.20170085
Citation: DAI Nan, YUAN Guang-xiao, LIU Xiao-min, GAO Hong-bo. Genetic mapping of a chlorosis mutant k60 in Arabidopsis thaliana[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2017, 39(7): 40-45. DOI: 10.13332/j.1000-1522.20170085

拟南芥黄化突变体k60的基因作图定位

基金项目: 

国家自然科学基金项目 31501090

国家自然科学基金项目 J1103516

详细信息
    作者简介:

    戴楠。主要研究方向:植物分子生物学。Email: 1506591113@qq.com  地址:100083  北京市海淀区清华东路35号北京林业大学生物科学与技术学院

    责任作者:

    刘小敏,讲师。主要研究方向:植物分子生物学。Email: liuxiaomin@bjfu.edu.cn  地址:同上

    高宏波,教授,博士生导师。主要研究方向:植物分子生物学。Email: gaohongbo@bjfu.edu.cn  地址:同上

  • 中图分类号: Q943.2

Genetic mapping of a chlorosis mutant k60 in Arabidopsis thaliana

  • 摘要: 拟南芥黄化突变体k60是从甲基磺酸乙脂诱变的拟南芥突变体库中筛选得到的。该突变体表现为叶色发黄,生长迟缓,叶绿素含量降低。遗传分析发现其为单基因控制的隐性突变。利用遗传作图的方法将突变基因定位于拟南芥5号染色体上CH5-6.0到CH5-6.24两个分子标记之间的231 kb区间内。本项工作的研究结果为该突变基因的鉴定奠定了前期基础,并且为研究拟南芥黄化基因的功能提供了新的实验材料。
    Abstract: An Arabidopsis thaliana mutant k60 with a chlorosis symptom was obtained by screening an ethyl methane sulphonate (EMS) mutagenized mutant population. This mutant displayed a phenotype of yellow leaf, slow growth and reduction of chlorophyll content. Genetic analysis indicated that the mutant phenotype was recessive and controlled by a single gene. k60 was mapped to a region of 231 kb between molecular markers CH5-6.043 and CH5-6.127 on chromosome 5 by genetic mapping. The results in this study lay the basis for the identification of the mutant gene, and provide a new material for the study of the function of chlorosis genes in Arabidopsis.
  • 多倍体育种是杨树(Populus spp.)遗传改良的重要途径。‘三毛杨’(P. tomentosa ‘Sanmaoyang’)、‘中林46’(P. × euramericana ‘Zhonglin-46’)、‘银中杨’(P. alba × P. berolinensis ‘Yinzhong’)、‘北林雄株1号’(P. × ‘Beilinxiongzhu 1’)、‘中怀1号’(P. × ‘Zhonghuai 1’)等三倍体品种均在我国林业生产中广泛利用[1-5],对推动我国林业产业升级、改善生态环境做出了重要贡献。为了指导林木多倍体品种选育,朱之悌[6]曾提出了“大群体,强选择”的育种策略,认为多倍体育种同样要基于大群体,依据主要目标性状对多倍体种质进行选择,经过遗传测定,才能形成表现优良的新品种。因此,在杨树多倍体品种选育过程中,对性状变异规律进行遗传分析十分必要。

    就杨树多倍体育种而言,基于2n配子的有性多倍化途径综合了杂合效应和倍性效应,提供了更加丰富的遗传变异[7]。植物生长通过叶片的光合作用产生物质和能量[8],叶片大小和形状影响植物的气体交换和蒸腾作用[9],有关植物叶片和气孔性状的研究可间接反映植物的植物生长发育及生理代谢特征[10]。Liao等[11]分析了‘哲引3号杨’ × ‘北京杨’全同胞杂种三倍体和二倍体的苗期表型,发现三倍体群体整体具有生长和光合优势,其中也存在一些光合效率高但生长较差的个体和光合效率低但生长较好的个体,可见,异源三倍体杨树的性状变异规律非常复杂。已有研究表明,雌雄异株植物在叶面积、生长势、生物量等方面存在差异[12],性状表现也会受到性别的影响。然而,关于叶片及气孔性状的研究多集中在苗期植株的分析,尚缺少对于节间生长缓慢且已进入开花成熟期的杨树枝条上的短枝功能叶片及气孔性状的变异规律的研究,且对于异源三倍体杨树,性别效应对性状表现产生的影响尚不明确。因此,为进一步丰富杨树三倍体叶片及气孔性状的遗传变异特征,本研究以‘哲引3号杨’ × ‘北京杨’全同胞杂种二倍体和三倍体的10年生种质保存林为材料,对其大树短枝功能叶片及气孔性状变异规律进行系统研究,解析倍性、基因型和性别效应对叶片及气孔性状变异的影响大小,为杨树三倍体育种提供理论依据。

    试验材料采集自河北威县的‘哲引3号杨’ × ‘北京杨’全同胞杂种二倍体和三倍体种质保存林,4株小区,3次重复,树龄10年,其中包括二倍体无性系17个(雌株7个,编号为D9、D24、D25、D34、D44、D45、D52;雄株10个,编号为D2、D3、D4、D11、D14、D20、D21、D38、D41、D43),三倍体无性系19个(雌株9个,编号为T6、T12、T15、T16、T19、T23、T26、T32、T40;雄株10个,编号为T13、T18、T22、T27、T30、T31、T33、T36、T37、T42)。每个无性系从每小区的4株中随机选择1株作为采样树,共3次重复,采集位于树冠中部北侧的无病虫害短枝功能叶片进行叶片长度、叶片宽度、叶面积、叶柄长度、叶缘锯齿数、气孔长度、气孔宽度、气孔密度等性状测量。

    每株采样树随机选取30片形态完整的短枝叶片,每个无性系重复3株采样树,用CI-203便携式激光叶面积仪(美国CID)测量叶片长度、叶片宽度、叶面积和叶柄长度,并对叶缘锯齿数进行统计。

    每株采样树随机选取5片形态完整的短枝叶片,每个无性系重复3株采样树,采用指甲油涂抹撕取法进行气孔性状观察[13]。每个叶片随机选择50个处于关闭状态的气孔,于Olympus BX51显微镜下测量气孔长度和气孔宽度;随机选择10个视野统计气孔密度。

    利用Excel整理数据,由于各性状数据均不满足正态分布或方差齐次,应用SPSS 17.0软件的非参数Kruskal−Wallis检验进行差异显著性分析。应用R语言对各性状进行Spearman相关分析和方差贡献率的计算,将方差分量的剩余项视为环境效应。

    无性系重复力(R)计算公式:

    R=σc2/(σc2+σe2/k)

    式中:σc2为无性系方差,σe2为随机误差,k为每个无性系采集样本数的调和平均值[14]

    青黑杨全同胞杂种植株短枝叶片及气孔各性状在无性系之间均存在极显著差异(表1)。无性系之间叶片性状变异较大,变异系数介于14.23% ~ 27.20%之间,其中锯齿数变异系数最高,叶片宽度变异系数最小;气孔性状变异系数在8.73% ~ 32.73%之间,其中气孔密度变异系数最高,气孔宽度变异系数最低,表明叶片宽度和气孔宽度是所测性状中较稳定的遗传特征。

    表  1  ‘哲引3号杨’ × ‘北京杨’杂种二倍体和三倍体叶片及气孔性状无性系重复力及变异系数
    Table  1.  Repeatability and variation coefficients of leaves and stomatal traits of (P. pseudo-simonii × P. nigra ‘Zheyin3#’) × P. × beijingensis
    性状 Trait二倍体 Diploid三倍体 TriploidPP value无性系重复力 Repeatability of clone变异系数 CV/%
    变化范围
    Variation range
    均值 ± 标准误 Mean ± SE变化范围
    Variation range
    均值 ± 标准误 Mean ± SE倍性 Ploidy性别Gender基因型Genotype
    叶片长度
    Leaf length/cm
    6.26 ~ 9.35 7.52 ± 0.14 6.59 ~ 10.51 8.65 ± 0.18 < 0.01 0.86 < 0.01 0.903 15.23
    叶片宽度
    Leaf width/cm
    4.83 ~ 7.48 6.05 ± 0.13 5.45 ~ 7.92 6.85 ± 0.11 < 0.01 0.33 < 0.01 0.836 14.23
    叶面积
    Leaf area/cm2
    17.76 ~ 39.92 27.32 ± 0.97 21.61 ~ 41.97 33.41 ± 1.09 < 0.01 0.72 < 0.01 0.789 25.32
    叶柄长度
    Petiole length/cm
    3.32 ~ 5.33 4.35 ± 0.10 3.28 ~ 5.95 4.48 ± 0.12 0.41 0.29 < 0.01 0.829 16.95
    锯齿数
    Serration number
    19 ~ 74 42.1 ± 2.0 30 ~ 55 38.4 ± 1.1 0.10 0.34 < 0.01 0.924 27.20
    气孔长度
    Stomatal length/μm
    20.67 ~ 28.29 23.58 ± 0.30 24.08 ~ 30.66 27.59 ± 0.30 < 0.01 0.79 < 0.01 0.954 11.13
    气孔宽度
    Stomatal width/μm
    12.82 ~ 16.17 14.53 ± 0.14 14.15 ~ 17.66 16.27 ± 0.16 < 0.01 0.28 < 0.01 0.952 8.73
    气孔密度/(个·mm−2)
    Stomatal density/
    (number·mm−2)
    87 ~ 279 188.6 ± 8.1 95 ~ 191 128.5 ± 3.8 < 0.01 0.06 < 0.01 0.947 32.73
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    重复力作为一个重要的遗传参数,反映了无性系优良性状受特殊环境影响的程度[15],其大小还表明了性状稳定性的高低[16]。本研究中,叶片性状无性系重复力介于0.789 ~ 0.924之间,气孔性状无性系重复力介于0.947 ~ 0.960之间,气孔性状的遗传效应略大于叶片性状。可见,青黑杨全同胞杂种植株叶片和气孔性状受到强度的遗传控制,环境影响较小,有利于无性系的评价选择,更利于较为准确地解析各效应对性状变异的影响。

    不同倍性群体间比较,三倍体植株平均叶片长度、叶片宽度、叶面积均显著大于二倍体植株,呈现出一定的巨大性特征(表1图1ab);而叶柄长度和锯齿数性状则无显著差异(表1)。在不同性别间,尽管雄株的叶片宽度、叶面积和叶柄长度比雌株分别大3.14%、2.02%和3.70%,叶片长度和锯齿数分别小1.10%和1.97%,但是这些叶片性状在雌、雄株之间并未呈现显著差异。

    图  1  ‘哲引3号杨’ × ‘北京杨’杂种全同胞二倍体和三倍体植株叶片和气孔
    a. 二倍体D44叶片;b. 三倍体T22叶片;c. 二倍体植株气孔密度和气孔大小D44;d. 三倍体植株气孔密度和气孔大小T22。 a, a leaf from diploid D44; b, a leaf from triploid T22; c, stomata density and stomatal size of diploid D44; d, stomata density and stomatal size of triploid T22.
    Figure  1.  Leaves and stomata of diploid and triploid plants of (P. pseudo-simonii × P. nigra ‘Zheyin3#’) × P. × beijingensis

    从叶片各性状相关分析可知(图2),叶面积与叶片长度、叶片宽度呈极显著的正相关,分别达0.86和0.94;叶柄长度与叶片长度、叶片宽度、叶面积之间呈显著弱正相关,与锯齿数相关关系不显著;锯齿数与叶片宽度、叶面积呈显著弱正相关,与叶片长度的相关关系不显著。进一步分析发现(表2),叶片长度、叶片宽度和叶面积与倍性水平呈极显著的正相关(r分别为0.44、0.43、0.38,P < 0.01),叶柄长度和锯齿数与倍性水平之间无显著相关性(分别为r = 0.09,P = 0.41和r = −0.17,P = 0.10),而性别与叶片性状之间均没有显著的相关性(P > 0.05)。

    图  2  叶片和气孔性状的Spearman相关分析
    ***分别表示在P < 0.05 和P < 0.01水平上差异显著。*, ** represent significant difference at P < 0.05 and P < 0.01 level, respectively.
    Figure  2.  Spearman correlation analysis of leaves and stomatal traits
    表  2  叶片及气孔性状与倍性、性别的相关性分析
    Table  2.  Correlation analysis of leaves and stomatal traits with ploidy and gender
    项目
    Item
    叶片长度
    Leaf length
    叶片宽度
    Leaf width
    叶面积
    Leaf area
    叶柄长度
    Petiole length
    锯齿数
    Serration number
    气孔长度
    Stomatal length
    气孔宽度
    Stomatal width
    气孔密度
    Stomatal density
    倍性 Ploidy rr value 0.44 0.43 0.38 0.09 −0.17 0.72 0.65 −0.60
    PP value < 0.01 < 0.01 < 0.01 0.41 0.10 < 0.01 < 0.01 < 0.01
    性别 Gender rr value −0.02 0.10 0.04 0.11 −0.10 0.03 −0.11 0.20
    PP value 0.86 0.33 0.72 0.29 0.34 0.80 0.28 0.06
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    三倍体植株的平均气孔长度和气孔宽度均极显著大于二倍体,而平均气孔密度极显著小于二倍体(表1图1cd)。在不同性别间比较发现,雄株群体的平均气孔长度和气孔密度均大于雌株,气孔宽度小于雌株,但是均为呈现显著差异。

    从气孔各性状的相关分析可知(图2),气孔长度与气孔宽度呈极显著的正相关,达0.89,气孔密度与气孔长度和气孔宽度呈极显著的负相关,分别为−0.84和−0.76。进一步分析发现(表2),气孔长度和气孔宽度与倍性水平间均呈极显著正相关(r分别为0.72和0.65,P < 0.01),气孔密度与倍性水平呈极显著负相关(r = −0.60,P < 0.01),而性别与气孔性状之间均没有显著的相关性(P > 0.05),表明气孔性状与倍性水平密切相关,可作为鉴定杨树多倍体的有效指标。

    为深入解析倍性、性别和基因型效应对各性状表现的影响程度,计算各效应的方差分量及方差贡献率后发现(图3),气孔性状的变异主要来源于倍性效应,其次是基因型效应和环境效应。其中,气孔长度的倍性效应方差分量在表型总变异中所占比例高达63.79%,其次是气孔宽度的57.05%,气孔密度的47.10%,表明这些性状受倍性水平的影响最大;叶片性状变异的主要来源于基因型效应,其中,锯齿数变异的基因型效应方差贡献率最高,达80.72%,其次是叶柄长度变异的基因型效应为61.66%,表明叶片性状主要受基因型的影响。性别效应对叶片及气孔性状的影响均很小,其中,性别效应对气孔密度的方差贡献率仅为0.06%,对锯齿数和叶柄长度变异的方差贡献率甚至均为0。

    图  3  各效应方差贡献率
    Figure  3.  Variance contribution rates of each effect

    多倍化是植物进化和适应性改变的重要力量[17-18]。由于基因组剂量的增加所带来的倍性效应往往导致多倍体植物产生广泛的性状变异[19-20]。同源四倍体苏丹凤仙花(Impatiens walleriana)在叶面积、叶片厚度、子房宽度、花粉粒长度和气孔大小等性状上增加,花瓣总花青素含量较高,而株高、气孔保卫细胞密度和花数减少[21]。滇杨(P. yunnanensis)同源四倍体和嵌合体的苗期长枝叶分析发现,与叶片长度、宽度和气孔性状大于二倍体,而气孔密度则显著小于二倍体[22]。本研究发现青黑杨杂种的叶柄长度和锯齿数变异受倍性效应影响较小,而三倍体植株平均叶片长度、叶片宽度、叶面积、气孔长度和气孔宽度均极显著大于二倍体,气孔密度则极显著小于二倍体,且气孔性状变异的倍性效应方差贡献率最高,表明倍性效应对短枝叶的性状表现同样产生重要影响。而且,叶片长度、叶片宽度、叶面积、气孔长度和气孔宽度与倍性水平之间均存在极显著正相关性,气孔密度与倍性水平呈极显著负相关,叶柄长度和锯齿数与倍性水平无显著相关性,因此,在倍性检测时可通过叶片大小和气孔性状相结合作为初步鉴定。此外,值得注意的是,本研究测得的气孔长度和气孔宽度大小与王君等[23]测得的数据相比均偏小,可能是由于杨树长枝和短枝叶片的气孔长宽大小存在差异。

    基因型差异也是影响植物性状的重要变异来源。白凤莹等[24]发现,受基因型的影响,不同天然三倍体毛白杨无性系间气孔性状的差异达到了极显著水平,其中存在部分个体表现出类似二倍体的特征。本研究发现,青黑杨全同胞杂种无性系间短枝叶片和气孔各性状均存在极显著差异,其中部分二倍体无性系的叶片和气孔性状表现甚至优于一些三倍体无性系,可见三倍体也并非株株皆优,无性系基因型对性状表现的影响也较大。

    对于雌雄异株植物而言,植株性别会对表型产生一定的影响。相关研究表明,多年生植物雄株在叶片数量及叶面积、生长势、树冠体积、生物量等方面都超过雌株[12, 25]。陈珂等[26]发现成年银杏(Ginkgo biloba)雌株叶片长度、叶片宽度、叶面积显著小于雄株,而叶柄长度和气孔密度显著大于雄株。两年生青杨(P. cathayana)雌株叶片总数显著高于雄株,雌株叶片性状较雄株有优势[27];毛白杨雄株叶片长度和叶面积显著大于雌株,而叶片宽度则无显著差异[28]。本研究中,青黑杨全同胞杂种叶片和气孔性状在雌、雄株之间虽存在一定差异,但均未达显著性水平,性状变异与性别之间也不存在显著相关性,且性别效应方差贡献率几乎为0,说明性别对叶片及气孔性状的影响较小。

    异源多倍化在植物遗传改良和种质创新中发挥着重要作用,特别是利用2n配子杂交的异源多倍化途径,结合了倍性优势和杂种优势,在杨树多倍体育种已取得了极大的成就[29]。Liao等[11]发现,杨树异源三倍体群体苗期整体具有生长和光合优势,但也存在一些光合效率高但生长较差的个体和光合效率低但生长较好的个体。本研究利用一个包含杂种二倍体和三倍体的青黑杨全同胞群体,证明了杨树经历异源多倍化后,倍性效应和基因型效应均对性状变异产生重要影响,而性别对性状变异的贡献相对较小,并初步明确了倍性、基因型和性别效应对功能叶片和气孔性状的贡献大小,为我们进一步开展多倍体性状变异的遗传解析提供了借鉴。显然,在进行杨树三倍体育种时,对大量变异材料进行“大群体,强选择”是进一步品种选育的必要环节,异源三倍体遗传变异的复杂性也为杨树三倍体选育提供了丰富的选择基础。

    致谢: 感谢高岳芳博士在实验中的协助。
  • 图  1   野生型Col与k60的表型分析

    A.Col野生型及k60植株表型,比例尺为1 cm;B. Col野生型及k60叶肉细胞中叶绿体表型,比例尺为10 μm。

    Figure  1.   Phenotype analysis of Col and k60

    A, phenotypes of Col and k60 plants, scale bar =1 cm; B, chloroplast phenotypes of Col and k60 in mesophyll cell, scale bar =10 μm.

    图  2   Col野生型与k60的叶肉细胞面积与叶绿体个数相关性分析

    Figure  2.   Correlation analysis between mesophyll cell area and chloroplast number of Col and k60

    图  3   野生型Col与k60叶绿素质量浓度分析

    Figure  3.   Chlorophyll concentration analysis of Col and k60

    图  4   k60的遗传作图

    A.k60与分子标记CH5-3.79、CH5-9.5连锁情况,星号表示有遗传交换的植株;B.k60定位的精细物理图谱,横线上方为分子标记,横线下方为该分子标记在拟南芥5号染色体上的物理位置,括号中数字为重组植株数。

    Figure  4.   Genetic mapping of k60

    A, linkage analysis of k60 with molecular markers CH5-3.79 and CH5-9.5, asterisks indicate plants with recombination; B, fine physical map of the mapping of k60. Molecular markers are indicated above the horizontal line; physical locations of the molecular markers on the chromosome 5 in Arabidopsis thaliana are indicated below the horizontal line; numbers in parentheses indicate the number of plants with recombination.

    表  1   突变体k60的遗传分析

    Table  1   Genetic analysis of k60

    F2绿色植株数
    Green plantnumber
    黄色植株数
    Yellow plantnumber
    总植株数
    Total plantnumber
    χ2
    k60×Ler110301400.952
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    表  2   k60精细定位所用分子标记的引物序列及重组率

    Table  2   Primer sequences and the recombination frequency of the molecular markers used in the fine mapping of k60

    分子标记
    Molecular marker
    正向引物
    Forward primer (5′-3′)
    反向引物
    Reverse primer (5′-3′)
    重组率
    Recombination frequency/%
    CH5-5.468GACTAAACTGGCATTAAGTTCTGAGGATGGTTTCTAGATCGTAATGCC1.64
    CH5-5.673CCATCCATGGCTTTGGTTCCGATTTTGTTGCCCCGAG0.94
    CH5-5.858CATAGATTGTTCATGTCTCCTCAGGCTGATATGGCGCTTGAG0.47
    CH5-6.0CTGCTTGATTGGTAAGAATGAGAGGGAAGGGGAGGAAGAGATAAC0.23
    CH5-6.24CTTATCGACACTCTTGCAGGCGGACATGGCAAATGCTCGG0.47
    CH5-6.455GCTGGACACCTCAGTCACGCCTGGAAAAGCGAGGAG1.10
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出版历程
  • 收稿日期:  2017-03-21
  • 修回日期:  2017-04-19
  • 发布日期:  2017-06-30

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