基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发

吴根松; 孙丽丹; 张启翔; 潘会堂; 蔡明

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基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发

吴根松, 孙丽丹, 张启翔, 潘会堂, 蔡明

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吴根松, 孙丽丹, 张启翔, 潘会堂, 蔡明. 基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发[J]. 北京林业大学学报, 2011, 33(5): 103-108.

引用本文:

吴根松, 孙丽丹, 张启翔, 潘会堂, 蔡明. 基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发[J]. 北京林业大学学报, 2011, 33(5): 103-108.

WU Gen-song, SUN Li-dan, ZHANG Qi-xiang, PAN Hui-tang, CAI Ming. Development of mei flowers SSR primers from closely related species SSR and EST-SSR[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2011, 33(5): 103-108.

Citation:

WU Gen-song, SUN Li-dan, ZHANG Qi-xiang, PAN Hui-tang, CAI Ming

. Development of mei flowers SSR primers from closely related species SSR and EST-SSR[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2011, 33(5): 103-108.

基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发

1.
北京林业大学园林学院, 国家花卉工程技术研究中心

Development of mei flowers SSR primers from closely related species SSR and EST-SSR

1.
National Engineering Research Center for Floriculture, College of Landscape Architecture, Beijing Forestry University, 100083, P. R. China.

摘要: 为获得更多的梅花SSR引物，本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物，并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物，用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明，近缘物种的引物有69对能扩增出条带，有效扩增率达82.1%，从中筛选的14对引物共得到85个等位基因，平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间，平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间，平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间，平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大，为0.60；‘美人’梅和‘黄金’梅相似系数最小，为0.13。设计的EST-SSR引物有22对能扩增出条带，有效扩增率达95.6%，其中有11对引物表现出多态性，占全部EST-SSR的47.8%。
- 近缘物种 /
- EST /
- 梅花 /
- SSR
Abstract: In this study, we analyzed 84 SSR primer pairs from closely related species and designed 23 EST-SSR primer pairs from NCBI for developing more mei flower(Prunus mume Sieb. et Zucc.)new SSR makers. Twelve mei flower cultivars were used to do polymorphic test on these primers. The results show that 69 SSR primer pairs can amplify bands with the efficient amplification ratio of 82.1%. A total of 85 alleles were detected by 14 primer pairs with an average of six effective alleles per primer. The effective number of alleles was between 2.072 and 5.539, with the average of 4. The polymorphic information content (PIC) value was between 0.483 and 0.786, with the average of 0.695. The average Shannon Index was 1.528, with the genetic similarity coefficient among 12 materials ranging from 0.13 to 0.60 and the average of 0.26. Based on the UPGMA analysis, P. mume ‘Yudie Longyou’ and P. mume ‘Xiao Yudie’ contained similar inheriting basement, about 0.60, and the similarity value between P. mume ‘Meiren’ and P. mume ‘Huangjin’ was smallest, about 0.13. The designed 22 EST-SSR primer pairs can amplify bands, with the effective amplificaition rate of 95.6%. Eleven primer pairs demonstrated the polymorphic characteristics, accounting for 47.8% of all the EST-SSR.
- closely related species /
- EST /
- mei flower /
- SSR梅花（Prunus mume Sieb. et Zucc.）

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[10]	丁晓六, 刘佳, 赵红霞, 王晶, 罗乐, 潘会堂, 张启翔. 现代月季和玫瑰杂交后代的鉴定与评价 . 北京林业大学学报, 2014, 36(5): 123-130. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.05.005
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[12]	张敏, 黄华宏, 林二培, 周厚君, 王亚辉, 童再康. 光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析 . 北京林业大学学报, 2012, 34(4): 58-61.
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基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发

1. 北京林业大学园林学院, 国家花卉工程技术研究中心

收稿日期: 1900-01-01
修回日期: 1900-01-01
刊出日期: 2011-09-30

关键词:

近缘物种 /

EST /

梅花 /

SSR

摘要: 为获得更多的梅花SSR引物，本研究筛选了84对梅花近缘物种的引物，并从梅花EST数据库的序列中设计了23对EST-SSR引物，用12个梅花品种对这些引物进行了多态性检测。结果表明，近缘物种的引物有69对能扩增出条带，有效扩增率达82.1%，从中筛选的14对引物共得到85个等位基因，平均值为6个。有效等位基因数在2.072～5.539之间，平均值为4。PIC多态信息指数在0.483～0.786之间，平均值为0.695。Shannon指数的平均值为1.528。12个品种遗传相似系数在0.13～0.60之间，平均值为0.26。‘玉蝶龙游’梅和‘小玉蝶’相似系数最大，为0.60；‘美人’梅和‘黄金’梅相似系数最小，为0.13。设计的EST-SSR引物有22对能扩增出条带，有效扩增率达95.6%，其中有11对引物表现出多态性，占全部EST-SSR的47.8%。

English Abstract

Development of mei flowers SSR primers from closely related species SSR and EST-SSR

1. National Engineering Research Center for Floriculture, College of Landscape Architecture, Beijing Forestry University, 100083, P. R. China.

Received Date: 1900-01-01
Rev Recd Date: 1900-01-01
Publish Date: 2011-09-30

Keywords:

Abstract: In this study, we analyzed 84 SSR primer pairs from closely related species and designed 23 EST-SSR primer pairs from NCBI for developing more mei flower(Prunus mume Sieb. et Zucc.)new SSR makers. Twelve mei flower cultivars were used to do polymorphic test on these primers. The results show that 69 SSR primer pairs can amplify bands with the efficient amplification ratio of 82.1%. A total of 85 alleles were detected by 14 primer pairs with an average of six effective alleles per primer. The effective number of alleles was between 2.072 and 5.539, with the average of 4. The polymorphic information content (PIC) value was between 0.483 and 0.786, with the average of 0.695. The average Shannon Index was 1.528, with the genetic similarity coefficient among 12 materials ranging from 0.13 to 0.60 and the average of 0.26. Based on the UPGMA analysis, P. mume ‘Yudie Longyou’ and P. mume ‘Xiao Yudie’ contained similar inheriting basement, about 0.60, and the similarity value between P. mume ‘Meiren’ and P. mume ‘Huangjin’ was smallest, about 0.13. The designed 22 EST-SSR primer pairs can amplify bands, with the effective amplificaition rate of 95.6%. Eleven primer pairs demonstrated the polymorphic characteristics, accounting for 47.8% of all the EST-SSR.

吴根松, 孙丽丹, 张启翔, 潘会堂, 蔡明. 基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发[J]. 北京林业大学学报, 2011, 33(5): 103-108.

引用本文:

吴根松, 孙丽丹, 张启翔, 潘会堂, 蔡明. 基于近缘物种SSR引物和EST-SSR序列的梅花SSR引物开发[J]. 北京林业大学学报, 2011, 33(5): 103-108.

Citation:

WU Gen-song, SUN Li-dan, ZHANG Qi-xiang, PAN Hui-tang, CAI Ming

. Development of mei flowers SSR primers from closely related species SSR and EST-SSR[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2011, 33(5): 103-108.