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光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析

张敏 黄华宏 林二培 周厚君 王亚辉 童再康

张敏, 黄华宏, 林二培, 周厚君, 王亚辉, 童再康. 光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析[J]. 北京林业大学学报, 2012, 34(4): 58-61.
引用本文: 张敏, 黄华宏, 林二培, 周厚君, 王亚辉, 童再康. 光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析[J]. 北京林业大学学报, 2012, 34(4): 58-61.
ZHANG Min, HUANG Hua-hong, LIN Er-pei, ZHOU Hou-jun, WANG Ya-hui, TONG Zai-kang.. Library construction of cDNA and SSR analysis of partial ESTs for stem and leaf of Betula luminifera.[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2012, 34(4): 58-61.
Citation: ZHANG Min, HUANG Hua-hong, LIN Er-pei, ZHOU Hou-jun, WANG Ya-hui, TONG Zai-kang.. Library construction of cDNA and SSR analysis of partial ESTs for stem and leaf of Betula luminifera.[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2012, 34(4): 58-61.

光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析

Library construction of cDNA and SSR analysis of partial ESTs for stem and leaf of Betula luminifera.

  • 摘要: 以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5~3.0 kb之间,平均长度约为1.3 kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计ESTSSR引物、进行遗传多样性分析奠定了基础。
  • [1] 李秀宇, 郭琪, 董黎, 孙宇涵, 牛东升, 刘佳平, 王红生, 李云.  山西省吉县刺槐无性系种质遗传多样性的EST-SSR分析 . 北京林业大学学报, 2019, 41(7): 39-48. doi: 10.13332/j.1000-1522.20190108
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出版历程
  • 收稿日期:  1900-01-01
  • 修回日期:  1900-01-01
  • 刊出日期:  2012-07-30

光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析

摘要: 以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5~3.0 kb之间,平均长度约为1.3 kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计ESTSSR引物、进行遗传多样性分析奠定了基础。

English Abstract

张敏, 黄华宏, 林二培, 周厚君, 王亚辉, 童再康. 光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析[J]. 北京林业大学学报, 2012, 34(4): 58-61.
引用本文: 张敏, 黄华宏, 林二培, 周厚君, 王亚辉, 童再康. 光皮桦茎叶cDNA文库构建及部分EST序列SSR分析[J]. 北京林业大学学报, 2012, 34(4): 58-61.
ZHANG Min, HUANG Hua-hong, LIN Er-pei, ZHOU Hou-jun, WANG Ya-hui, TONG Zai-kang.. Library construction of cDNA and SSR analysis of partial ESTs for stem and leaf of Betula luminifera.[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2012, 34(4): 58-61.
Citation: ZHANG Min, HUANG Hua-hong, LIN Er-pei, ZHOU Hou-jun, WANG Ya-hui, TONG Zai-kang.. Library construction of cDNA and SSR analysis of partial ESTs for stem and leaf of Betula luminifera.[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2012, 34(4): 58-61.

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