欧美山杨杂种插穗不定根2个发育时期基因表达谱分析

闫绍鹏; 尚艳茹; 冷淑娇; 杨瑞华; 王秋玉

doi:10.13332/j.1000-1522.20130230

欧美山杨杂种插穗不定根2个发育时期基因表达谱分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20130230

1.
1 东北林业大学生命科学学院;
2.
2 黑龙江省农业科学院园艺分院

基金项目:

国家自然科学基金项目(J1210053)、中央高校基本科研业务费专项(2572014CA22)。

详细信息

作者简介:
闫绍鹏,博士,高级工程师。主要研究方向:林木遗传学。Email:ysp_4@126.com 地址:150040 黑龙江省哈尔滨市香坊区和兴路26号东北林业大学生命科学学院。责任作者: 王秋玉,博士,教授。主要研究方向:林木遗传学。Email:wqyll@sina.com.cn 地址:同上。

闫绍鹏,博士,高级工程师。主要研究方向:林木遗传学。Email:ysp_4@126.com 地址:150040 黑龙江省哈尔滨市香坊区和兴路26号东北林业大学生命科学学院。责任作者: 王秋玉,博士,教授。主要研究方向:林木遗传学。Email:wqyll@sina.com.cn 地址:同上。

Gene expression profile of aspen hybrid cuttings in two developing stages of the adventitious root.

1.
1 College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin, Heilongjiang, 150040, P. R. China;
2.
2 Horticultural Branch, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin, Heilongjiang, 150069, P. R. China.

摘要: 以欧美杂种山杨嫩枝插穗为实验材料,进行扦插不定根生成过程中插穗形态和解剖学观察,通过Solexa高通量测序对扦插后6和12 d插穗不定根生成部位进行转录水平上的检测分析。插穗解剖观察发现扦插后6 d为根原基的诱导期,12 d为不定根的伸长生长期,对插穗不定根2个时期高通量测序获得差异表达基因2 328个。对筛选出的显著差异表达基因进行功能注释、分类和KEGG及pathway分析,确定2个山杨样本中差异表达基因参与的生化代谢和信号转导途径。
- 杂种山杨 /
- 基因表达谱 /
- 扦插 /
- 差异表达
Abstract: We used Populus tremula × P. tremuloides softwood cuttings as experimental material, and observed morphological and anatomical changes of the cuttings during the rooting process of adventitious roots. Solexa high-throughput sequencing was performed for the parts of cuttings where adventitious roots generated 6 days and 12 days after cutting (DAC) at transcriptional level. Anatomical observation showed that the induction stage of the adventitious root primordia was 6 days after cutting and the elongation stage of adventitious roots was 12 days after cutting. A total of 2 328 differentially expressed genes were obtained by the Solexa high-throughput sequencing. The significantly differential expression genes were classified after their functions annotation, and then the KEGG passway analysis was carried out. On this basis, the biochemical metabolic and signal transduction pathways of these differentially expressed genes were determined.
- hybrid aspen /
- gene expression profile /
- cutting /
- differential expression

[1]	闫绍鹏.欧美山杨杂种无性系低温胁迫下几种生理指标的遗传变异[D].哈尔滨:东北林业大学,2004.
[2]	YAN S P. Genetic variation among the hybrid clones of Populus tremula × P. tremloides in several physiological characteristics under low temperature stress[D].Harbin: Northeast Forestry University,2004.
[3]	ROSIER C L,FRAMPTON J, GOLDFARB B,et al. Growth stage,auxin type,and concentration,influence rooting of Virginia pine stem cuttings[J]. Hortscience,2004,39(6):1397-1402.
[4]	LENG S J. Analysis of the digital gene expression profiling of Populus tremula × P. tremloides cuttings development during adventitious roots induction and adventitious roots elongation[D]. Harbin: Northeast Forestry University,2012.
[5]	YAN S P, YANG R H, LENG S J, et al. High-fluxed DNA sequencing technology and its application in agricultural science research[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2012,28(30): 171-176.
[6]	SYROS T,YUPSANIS T,ZAFIRIADIS H,et al. Activity and isoforms of peroxidases,lignin and anatomy,during adventitious rooting in cuttings of Ebenus cretiea L[J]. Journal of Plant Physiology,2004,16(1):69-77.
[7]	冷淑娇.欧美山杨插穗不定根发育的诱导期和伸长期数字表达谱分析[D].哈尔滨:东北林业大学,2012.
[8]	BRINKER M, ZYL L, LIU W B, et al. Microarray analyses of gene expression during adventitious root development in Pinus contorta[J]. Plant Physiology, 2004, 135:1526-1539.
[9]	RIGAL A, YORDANOV Y S, PERRONE I, et al. The AINTEGUMENTA LIKE1 homeotic transcription factor PtAIL1 controls the formation of adventitious root primordia in poplar[J]. Plant Physiol, 2012, 160:1996-2006.
[10]	LI R Q,YU C,LI Y R,et al. SOAP2: an improved ultrafast tool for short read alignment[J]. Bioinformatics,2009, 25(15): 1966-1967.
[11]	MORTAZAVI A, WILLIAMS B A, MCCUE K, et al. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq[J]. Nature Methods,2008,5(7):621-628.
[12]	THOMAS P, SCHIEFELBEIN J. Cloning and characterization of an actin depolymerizing factor gene from grape (Vitis inifera L.) expressed during rooting in stem cuttings[J]. Plant Science, 2002, 162:283-288.
[13]	SWARUP R, FRIML J, MARCHANT A, et al. Localization of the auxin permease AUX1 suggests two functionally distinct hormone transport pathways operate in the Arabidopsis root apex[J]. Genes Dev, 2001,15: 2648-2653.
[14]	WU G S, DANIEL R L, EDGAR P. Spalding, mutations in Arabidopsis multidrug resistance-like ABC transporters separate the roles of acropetal and basipetal auxin transport in lateral root development[J]. The Plant Cell, 2007,19(6): 1826-1837.
[15]	DING X H, CAO Y L, HUANG L L, et al. Activation of the indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3-8 suppresses expansin expression and promotes salicylate-and jasmonate-independent basal immunity in rice[J]. The Plant Cell January,2008,20(1):228-240.
[16]	闫绍鹏,杨瑞华,冷淑娇,等. 高通量测序技术及其在农业科学研究中的应用[J].中国农学通报,2012,28(30):171-176.

[1]	赵晓芝, 高丽, 贾桂霞. 光照处理对‘金羽’桧穗条质量影响的研究 . 北京林业大学学报, 2020, 42(8): 132-140. doi: 10.12171/j.1000-1522.20200007
[2]	曾明, 何书航, 李文海, 冯军, 赵媛媛, 郑彩霞. 胡杨异形叶差异表达miRNA及其靶基因功能分析 . 北京林业大学学报, 2020, 42(6): 1-13. doi: 10.12171/j.1000-1522.20190464
[3]	霍晓薇, 徐千惠, 王延伟. 杨树miRNA的靶基因预测及低氮胁迫表达分析 . 北京林业大学学报, 2019, 41(8): 28-37. doi: 10.13332/j.1000-1522.20190205
[4]	张永卓, 刘雅琳, 陆海, 李慧. 转录组分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对毛白杨悬浮细胞表达谱的影响 . 北京林业大学学报, 2018, 40(9): 1-14. doi: 10.13332/j.1000-1522.20180158
[5]	路蒙蒙, 韩硕, 杨琦, 王俊秀, 郭惠红. 文冠果LEC1基因的克隆及表达分析 . 北京林业大学学报, 2018, 40(1): 8-16. doi: 10.13332/j.1000-1522.20170314
[6]	索慧英, 刘静, 曲冠证, 郑密, 李莹. NaHCO₃胁迫下刚毛柽柳叶片蛋白质差异表达谱的建立 . 北京林业大学学报, 2018, 40(9): 15-24. doi: 10.13332/j.1000-1522.20180200
[7]	王杰, 贾月慧, 张克中, 崔金腾. 百合雌蕊中杂交亲和性与不亲和性差异表达基因分析 . 北京林业大学学报, 2017, 39(2): 82-91. doi: 10.13332/j.1000-1522.20160292
[8]	孙一惠, 马岚, 张栋, 夏晓平, 薛孟君, 苗新云. 2种扦插护岸植物根系对土壤结构的改良效应 . 北京林业大学学报, 2017, 39(7): 54-61. doi: 10.13332/j.1000-1522.20170076
[9]	王丹, 安轶, 韩潇, 周扬颜, 王厚领, 郭惠红, 夏新莉, 尹伟伦. 超表达杨树RPEase基因促进了拟南芥的生长发育 . 北京林业大学学报, 2016, 38(5): 67-76. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150507
[10]	曲赞霜, 钱婷婷, 侯聪, 张力杰, 魏志刚. 小黑杨碳酸酐酶家族基因表达特性分析 . 北京林业大学学报, 2015, 37(2): 94-99. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2015.02.016
[11]	赵丽红, 周菲, 官民晓, 刘闯, 赵鑫, 刘雪梅. 白桦雌花发育前期和中期差异基因表达分析 . 北京林业大学学报, 2015, 37(4): 104-112. doi: DOI:10.13332/j.1000-1522.20140301
[12]	石江涛, 刘一星, 聂玉哲, 李坚. 正常木与应压木木材形成组织中差异表达蛋白质的鉴定 . 北京林业大学学报, 2013, 35(3): 137-142.
[13]	李慧玉, 董京祥, 姜静, 刘桂丰. 2个柽柳Prx基因的克隆及表达分析 . 北京林业大学学报, 2012, 34(3): 48-52.
[14]	黄河, 牛雅静, 杨可, 戴思兰. 甘菊内参基因ClTUA的克隆与表达分析 . 北京林业大学学报, 2012, 34(2): 112-117.
[15]	刘军梅, 李昊, 崔东清, 叶梅霞, 宋体, 张志毅, 安新民, . 毛白杨labA-like1基因的克隆与表达特性及其表达载体的构建 . 北京林业大学学报, 2011, 33(4): 55-62.
[16]	连青龙, 韩昊君, 辛海波, 陈莉, 胡小燕, 何秀丽, 义鸣放. 唐菖蒲GhAOS基因的克隆与表达 . 北京林业大学学报, 2011, 33(2): 77-83.
[17]	麻文俊, 王军辉, 张守攻, 孙晓梅, 赵海祥, 宁延龙. 日本落叶松无性系扦插生根过程中多酚类物质研究 . 北京林业大学学报, 2011, 33(1): 150-154.
[18]	马艳, 朱馨蕾, 杨长庚, 张富春, 尹伟伦, . Pedhn基因的克隆及表达分析 . 北京林业大学学报, 2008, 30(3): 63-67.
[19]	薛康, HUALi_zhong, 吴丽娟, 张冬梅, 段文霞, 刘剑锋, 李雪华, 王立海, 刘鹏举, 汪杭军1, 王旭, 韦艳葵, 耿玉清, 党文杰, 李国雷, 方升佐, 赵铁珍, 任强, 王兰珍, 李生宇, 朱小龙, 李义良, 周传艳, 余新晓, 黎明, 苏晓华, 周国逸, 尹光彩, 刘勇, 韩士杰, 高岚, 周亮, 李振基, JIANGXi_dian, 朱波, 杨娅, 宋永明, 何茜, 李建章, 方陆明, 周宇飞, 崔同林, 杨慧敏, 刘勇, 雷加强, 阎秀峰, 周国逸, 王新杰, 喻理飞, 孙向阳, 李吉跃, 徐新文, 柯水发, 赖志华, 徐扬, 刘锐, 王春林, 程云清, 王清文, 鹿振友, 虞木奎, 张冰玉, 玲, 宗文君, 沈熙环, 唐小明, HEXiu_bin, 李俊清, 温亚利, 李丙文, 李晓兰, 茹广欣, 张志毅, 郭蓓, 3, , 国庆, 陈实, 陈峻崎, 王伟宏, 齐涛, 周晓梅, 陈培金, 宋爱琴, 孙阁, 周玉平, 王旭, 唐旭利, 王晓静, 张可栋, 刘志明, 王建林, 蒋德明, 长山, 姚永刚, 王春林, 陈放, 赵双荣, 关少华, 宋湛谦, 杨伟伟, 闫俊华, 郑凌峰. 外源SacB基因在银腺杂种杨基因组中的表达及抗旱性分析 . 北京林业大学学报, 2007, 29(2): 0-6.
[20]	隋金玲, 李莉, 张玲, 王莉, 刘美芹, 姚娜, 熊丹, 郝晨, 王丰俊, 范丙友, 孙青, 雷庆哲, 李艳华, 胡海英, 贺窑青, 胡晓丹, 刘丽, 金莹, 孙月琴, 欧阳杰, 程堂仁, 乔海莉, 周章义, 李在留, 陈佳, 段旭良, 曲红, 石娟, 冯秀兰, 孙爱东, 王建中, 张艳霞, 沈昕, 武彦文, 陈晓阳, 张德权, 骆有庆, 冯菁, 张志毅, 康向阳, 路端正, 周燕, 赵亚美, 郑彩霞, 李凤兰, 郭锐, 阎伟, 陆海, 尹伟伦, 尹伟伦, 田呈明, 李云, 续九如, 骆有庆, 陈发菊, 张香, 安新民, 王华芳, 王百田, 王晓东, 赵蕾, 吴晓成, 沈繁宜, 骆有庆, 李忠秋, 高述民, 郝俊, 孙爱东, 梁华军, 马钦彦, 武海卫, 阎晓磊, 卢存福, 胡德夫, 骆有庆, 梁宏伟, 胡晓丹, 郑永唐, 蒋湘宁, 姜金仲, 史玲玲, 王建中, 邹坤, 严晓素, 冯晓峰, 李凯, 崔彬彬 , 王晓楠, 温秀凤3, 刘玉军, 王玉兵, 王冬梅, 郭晓萍, 于京民2, 张志翔, 赵兵, 尹伟伦, 王华芳, 吴坚, 冯仲科, 谢磊, 骈瑞琪, 高荣孚, 王瑛, 刘玉军, 沈应柏, 李镇宇, 王玉春, 陶凤杰, 林善枝, 张兴杰, 刘艳, 呼晓姝, 王民中, 丁霞, 孙建华, 杨伟光, 李凤兰, 张庆, 陈卫平, 马建海, 汪植, 蒋平, 赵新丽, 付瑞海. 一种改进的固相扣除杂交法直接克隆全长差异表达基因 . 北京林业大学学报, 2007, 29(5): 67-72.

点击查看大图

计量

文章访问数: 542
HTML全文浏览量: 90
PDF下载量: 7
被引次数: 0

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

留言板

欧美山杨杂种插穗不定根2个发育时期基因表达谱分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20130230

Gene expression profile of aspen hybrid cuttings in two developing stages of the adventitious root.

计量

欧美山杨杂种插穗不定根2个发育时期基因表达谱分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20130230

1. 1 东北林业大学生命科学学院;

2. 2 黑龙江省农业科学院园艺分院

English Abstract

Gene expression profile of aspen hybrid cuttings in two developing stages of the adventitious root.

1. 1 College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin, Heilongjiang, 150040, P. R. China;

2. 2 Horticultural Branch, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin, Heilongjiang, 150069, P. R. China.

全文HTML

目录

留言板

欧美山杨杂种插穗不定根2个发育时期基因表达谱分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20130230

Gene expression profile of aspen hybrid cuttings in two developing stages of the adventitious root.

计量

出版历程

欧美山杨杂种插穗不定根2个发育时期基因表达谱分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20130230

1. 1 东北林业大学生命科学学院; 2. 2 黑龙江省农业科学院园艺分院

English Abstract

Gene expression profile of aspen hybrid cuttings in two developing stages of the adventitious root.

1. 1 College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin, Heilongjiang, 150040, P. R. China; 2. 2 Horticultural Branch, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin, Heilongjiang, 150069, P. R. China.

全文HTML

目录

1. 1 东北林业大学生命科学学院;

2. 2 黑龙江省农业科学院园艺分院

1. 1 College of Life Sciences, Northeast Forestry University, Harbin, Heilongjiang, 150040, P. R. China;

2. 2 Horticultural Branch, Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin, Heilongjiang, 150069, P. R. China.