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油松胚珠转录组微卫星特征分析

安俊 郑彩霞 姚阳 陈彬丽

安俊, 郑彩霞, 姚阳, 陈彬丽. 油松胚珠转录组微卫星特征分析[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
引用本文: 安俊, 郑彩霞, 姚阳, 陈彬丽. 油松胚珠转录组微卫星特征分析[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
AN Jun, ZHENG Cai-xia, YAO Yang, CHEN Bin-li. Characterization of microsatellites of ovule transcriptome in Pinus tabulaeformis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
Citation: AN Jun, ZHENG Cai-xia, YAO Yang, CHEN Bin-li. Characterization of microsatellites of ovule transcriptome in Pinus tabulaeformis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033

油松胚珠转录组微卫星特征分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
基金项目: 

国家自然科学基金项目(31170563)

详细信息
    作者简介:

    安俊。主要研究方向:植物生长发育。 Email:anjun070124110@126.com 地址:100083 北京市海淀区清华东路35号北京林业大学生物科学与技术学院。

    通讯作者:

    郑彩霞,教授,博士生导师。主要研究方向:植物生长发育的分子调控机制。 Email:zhengcx@bjfu.edu.cn 地址:同上。

Characterization of microsatellites of ovule transcriptome in Pinus tabulaeformis

  • 摘要: 为利用微卫星分子标记技术进一步研究油松胚珠发育分子调控机制以及微卫星对油松胚珠发育的影响,本文以前期高通量测序结果为基础,用MISA软件对所获得的转录组数据进行SSR位点的发掘和分析,为后续研究提供重要信息资源和数据保障。得到的1412个SSR位点存在于1274条序列中,平均每2.15kb出现一个SSR。油松胚珠转录组微卫星中存在87种重复基元,其中(A/T)n比例最高,约占45.89%;出现频率较高的重复类型是单核苷酸(46.88%)和三核苷酸(34.99%)重复。所得微卫星多为长度<20bp的短重复序列,≥20bp仅占总数的5.67%,重复序列出现频率与长度呈负相关。所得的SSR位点大部分位于非编码区,位于编码区的仅232个,有18个跨越了编码区和非编码区;编码区中占比例最高的是三核苷酸重复序列(105个,45.26%)。
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    , 刘玉军, 王瑛, 于京民2, 王华芳, 王冬梅, 王玉兵, 温秀凤3, 骈瑞琪, 赵兵, 郭晓萍, 严晓素, 李凯, 尹伟伦, 张志翔, 谢磊, 吴坚, 王晓楠, 王建中, 邹坤, 张庆, 呼晓姝, 丁霞, 张兴杰, 刘玉军, 刘艳, 李凤兰, 王民中, 陶凤杰, 杨伟光, 李镇宇, 王玉春, 沈应柏, 陈卫平, 孙建华, 林善枝, 蒋平, 付瑞海, 赵新丽, 马建海, 汪植.  油松雌性不育性与胚珠发育过程中物质代谢关系的初探 . 北京林业大学学报, 2007, 29(5): 88-93.
    [19] 金莹, 欧阳杰, 李艳华, 范丙友, 刘美芹, 胡海英, 孙月琴, 熊丹, 隋金玲, 王莉, 程堂仁, 曲红, 段旭良, 陈佳, 姚娜, 石娟, 周章义, 王丰俊, 乔海莉, 张玲, 李在留, 李莉, 雷庆哲, 胡晓丹, 郝晨, 贺窑青, 孙青, 刘丽, 陆海, 沈昕, 康向阳, 李云, 路端正, 尹伟伦, 冯菁, 武彦文, 张香, 陈发菊, 续九如, 骆有庆, 田呈明, 尹伟伦, 郭锐, 骆有庆, 周燕, 赵亚美, 孙爱东, 李凤兰, 张艳霞, 陈晓阳, 王建中, 冯秀兰, 张志毅, 张德权, 阎伟, 郑彩霞, 卢存福, 郝俊, 马钦彦, 史玲玲, 胡晓丹, 郑永唐, 阎晓磊, 武海卫, 沈繁宜, 姜金仲, 梁宏伟, 李忠秋, 骆有庆, 王百田, 吴晓成, 王华芳, 高述民, 梁华军, 赵蕾, 胡德夫, 安新民, 骆有庆, 孙爱东, 王晓东, 蒋湘宁, 严晓素, 王冬梅, 冯晓峰, 吴坚, 冯仲科, 李凯, 邹坤, 王建中, 刘玉军, 谢磊, 赵兵, 王晓楠, 温秀凤3, 于京民2, 尹伟伦, 王华芳, 王玉兵, 骈瑞琪, 崔彬彬
    , 高荣孚, 张志翔, 郭晓萍, 王瑛, 孙建华, 张兴杰, 林善枝, 张庆, 王玉春, 陈卫平, 陶凤杰, 李镇宇, 王民中, 刘玉军, 刘艳, 杨伟光, 李凤兰, 丁霞, 沈应柏, 呼晓姝, 马建海, 付瑞海, 赵新丽, 蒋平, 汪植.  板栗胚珠培养研究初报 . 北京林业大学学报, 2007, 29(5): 99-105.
    [20] 张春雨, 李长洪, 于占源, 姜春宁, 林峰, 李秀芬, 赖巧玲, 吕兆林, 曹金珍, 许月卿, 何恒斌, 何利娟, 杨永福, 郭小平, 史军辉, 李笑吟, 张亚利, 于格, 赵广亮, 王勇, 马履一, 张力平, 王献溥, 王华, 钟健, 贾彩凤, 朱清科, 尚晓倩, 于顺利, 郝玉光, 王继兴, 邵晓梅, 李悦, 赵秀海, 孙长霞, 朱教君, 鲁春霞, 杨明嘉, 杨培岭, 赵博光, 王希群, D.PascalKamdem, 曾德慧, 郭惠红, 毕华兴, 王骏, 胥辉, 李鸿琦, 郑彩霞, 习宝田, 贾桂霞, 黄忠良, 甘敬, 王庆礼, 尚宇, 杨为民, 欧阳学军, 王秀珍, 丁琼, 李黎, 朱金兆, 包仁艳, 谢高地, 陈宏伟, 刘燕, 张榕, 姜凤岐, 丁琼, 任树梅, 郑景明, 费孛, 周金池, 张志2, 崔小鹏, 沈应柏, 张中南, 贾桂霞, 范志平, 刘足根, 沈应柏, , , 何晓青, 张池, 蔡宝军, 贾昆锋, 刘艳, 刘鑫, 纳磊, 周金池, 李凤兰, 毛志宏, 唐小明, 张方秋, 李林, 陈伏生, 鹿振友, 赵琼, , 申世杰, 周小勇, 马玲, .  油松胚珠蛋白质提取分离技术的优化 . 北京林业大学学报, 2006, 28(4): 96-99.
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出版历程
  • 收稿日期:  2015-01-29
  • 修回日期:  2015-01-29
  • 刊出日期:  2016-05-31

油松胚珠转录组微卫星特征分析

doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
    基金项目:

    国家自然科学基金项目(31170563)

    作者简介:

    安俊。主要研究方向:植物生长发育。 Email:anjun070124110@126.com 地址:100083 北京市海淀区清华东路35号北京林业大学生物科学与技术学院。

    通讯作者: 郑彩霞,教授,博士生导师。主要研究方向:植物生长发育的分子调控机制。 Email:zhengcx@bjfu.edu.cn 地址:同上。

摘要: 为利用微卫星分子标记技术进一步研究油松胚珠发育分子调控机制以及微卫星对油松胚珠发育的影响,本文以前期高通量测序结果为基础,用MISA软件对所获得的转录组数据进行SSR位点的发掘和分析,为后续研究提供重要信息资源和数据保障。得到的1412个SSR位点存在于1274条序列中,平均每2.15kb出现一个SSR。油松胚珠转录组微卫星中存在87种重复基元,其中(A/T)n比例最高,约占45.89%;出现频率较高的重复类型是单核苷酸(46.88%)和三核苷酸(34.99%)重复。所得微卫星多为长度<20bp的短重复序列,≥20bp仅占总数的5.67%,重复序列出现频率与长度呈负相关。所得的SSR位点大部分位于非编码区,位于编码区的仅232个,有18个跨越了编码区和非编码区;编码区中占比例最高的是三核苷酸重复序列(105个,45.26%)。

English Abstract

安俊, 郑彩霞, 姚阳, 陈彬丽. 油松胚珠转录组微卫星特征分析[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
引用本文: 安俊, 郑彩霞, 姚阳, 陈彬丽. 油松胚珠转录组微卫星特征分析[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
AN Jun, ZHENG Cai-xia, YAO Yang, CHEN Bin-li. Characterization of microsatellites of ovule transcriptome in Pinus tabulaeformis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
Citation: AN Jun, ZHENG Cai-xia, YAO Yang, CHEN Bin-li. Characterization of microsatellites of ovule transcriptome in Pinus tabulaeformis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(5): 77-83. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150033
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