高级检索

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证

张嘉 刘爱青 张淑玲 解莹然 刘燕

张嘉, 刘爱青, 张淑玲, 解莹然, 刘燕. 利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
引用本文: 张嘉, 刘爱青, 张淑玲, 解莹然, 刘燕. 利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
ZHANG Jia, LIU Ai-qing, ZHANG Shu-ling, XIE Ying-ran, LIU Yan. Using the SSR with fluorescent labeling to establish SSR molecular ID code for cultivars of the Chinese herbaceous peony[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
Citation: ZHANG Jia, LIU Ai-qing, ZHANG Shu-ling, XIE Ying-ran, LIU Yan. Using the SSR with fluorescent labeling to establish SSR molecular ID code for cultivars of the Chinese herbaceous peony[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349

利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证

doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
基金项目: 

北京市科委计划项目(D161100001916004)

详细信息
    作者简介:

    张嘉。主要研究方向:园林植物资源与育种。Email:jzbjfu@163.com 地址:100083北京市海淀区清华东路35号北京林业大学园林学院。

    通讯作者:

    刘燕,教授,博士生导师。主要研究方向:园林植物资源与育种。Email:chbly@sohu.com 地址:同上。

Using the SSR with fluorescent labeling to establish SSR molecular ID code for cultivars of the Chinese herbaceous peony

  • 摘要: 为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳定、多态性高的核心引物;共检测到223个SSR等位位点,平均每对引物为7.69个,有效等位基因数(Ne)为3.658±0.328,Shannon多样性指数(I)为1.371±0.104,观测杂合度(Ho)为0.532±0.045,期望杂合度(He)为0.645±0.036,多态性信息含量PIC值介于0.20~0.84,平均0.60。基于最少引物鉴定最多种质的原则,按照PIC值由高到低顺序串联排序的方式,最终筛选出4对SSR引物(Pmg153、Knu73、Pmg209、J38)。结果表明:筛选出的4对SSR引物组合可以有效鉴定66个芍药品种;采用个位数字和大写英文字母结合对不同带型进行编码,成功绘制了66个中国传统芍药品种的分子身份证。本研究为芍药品种鉴定提供了一种快速、准确与高效的分子检测方法,也有助于中国传统芍药品种的遗传改良与芍药新品种保护。
  • [1] TENG H B,LÜ B,ZHAO J R, et al. DNA fingerprint profile involved in plant variety protection practice [J]. Biotechnology Bulletin, 2009(1): 1-6.
    [2] 滕海涛,吕波,赵久然,等. 利用DNA指纹图谱辅助植物新品种保护的可能性[J]. 生物技术通报, 2009(1): 1-6.
    [3] 张辕. 基于三种标记的中国传统菊花品种鉴定及分类研究[D]. 北京:北京林业大学, 2014.
    [4] ZHANG Y.Studies on the identification and classification of Chinese traditional chrysanthemum cultivars based on three types of markers [D]. Beijing:Beijing Forestry University, 2014.
    [5] GE L.Development of SSR markers based on transcriptome and their application in germplasm identification of Lilium [D]. Beijing:Chinese Academy of Agricultural Sciences, 2012.
    [6] 葛亮. 基于转录组信息的百合SSR标记开发及种质分子鉴定研究[D]. 北京:中国农业科学院, 2012.
    [7] 徐雷锋. 利用荧光标记SSR构建百合种质资源分子身份证[J]. 园艺学报, 2014, 41(10): 2055-2064.
    [8] XU L F. Using the fluorescent labeled SSR markers to establish molecular identity of Lily germplasms [J]. Acta Horticulturae Sinica,2014, 41(10): 2055-2064.
    [9] HUANG P,CUI P J,ZHENG Y Q,et al.SSR-Based molecular identification and analysis of genetic relationships among Rose varieties[J]. Scientia Silvae Sinicae,2012,48(10): 55-62.
    [10] 黄平,崔鹏娇,郑勇奇,等. 基于SSR标记月季品种鉴定及遗传关系分析[J]. 林业科学,2012,48(10): 55-62.
    [11] 季丽静. 观赏芍药部分新种质SSR遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建[D]. 北京:北京林业大学, 2013.
    [12] JI L J.Study of genetic diversity on partial new germplasm of Paeonia and establishment of DNA fingerprint by SSR markers[D]. Beijing:Beijing Forestry University, 2013.
    [13] 段一凡,王贤荣,梁丽丽,等. 桂花品种SSR荧光指纹图谱的构建[J]. 南京林业大学学报(自然科学版),2014,38(增刊): 1-6.
    [14] DUAN Y F,WANG X R,LIANG L L, et al. Fingerprinting and identification of Osmanthus fragrans cultivars using fluorescence-labeled SSR markers[J].Journal of Nanjing Forestry University (Natural Sciences Edition),2014,38(Suppl.): 1-6.
    [15] HU C L, ZHANG C,LIU C L,et al. Establishment of molecular ID for Fraxinus germplasms based on SSR markers[J]. Shandong Agricultural Sciences, 2015,47(5): 6-9,22.
    [16] 胡春龙,张晨,刘翠兰,等. 基于SSR标记构建白蜡种质资源分子身份证[J]. 山东农业科学, 2015,47(5): 6-9,22.
    [17] ZHANG J J, JI L J,LIU Z H,et al.Constructing SSR fingerprinting for introduced new germplasm of Paeonia L.[J]. Journal of Northeast Forestry University, 2015,43(3): 70-74.
    [18] CHENG Y, KIM C, SHIN D, et al. Development of simple sequence repeat (SSR) markers to study diversity in the herbaceous peony ( Paeonia lactiflora )[J].Journal of Medicinal Plants Research, 2011, 5(31): 6744-6751.
    [19] SUN J, YUAN J, WANG B, et al. Development and characterization of 10 microsatellite loci in Paeonia lactiflora (Paeoniaceae)[J]. American Journal of Botany, 2011, 98(9): 242-243.
    [20] LI J W, LI N. Establishment of rapid silver-stained method of denaturing polyacrylamide gel of microsatellite markers[J].Chinese Potato Journal, 2015,29(3): 136-140.
    [21] LI L, CHENG F, ZHANG Q. Microsatellite markers for the Chinese herbaceous peony Paeonia lactiflora (Paeoniaceae)[J]. American Journal of Botany, 2011, 98(2): 16-18.
    [22] WANG R, TIAN H L, WANG F G, et al.The application comparison of two SSR data analysis softwares GeneMapper and GeneMarker used in the identification of Maize variety[J/OL]. Fenzi Zhiwu Yuzhong(Online),2012,10:1171-1178.
    [23] CHENG B Y, XIA J H, GONG J Y, et al.Application of capillary electrophoresis detection with fluorescent SSR markers in rice DNA fingerprint identification[J]. Chinese Journal Rice Science, 2011,26(6): 672-676.
    [24] 张建军,季丽静,刘仲赫,等. 引进观赏芍药新种质的SSR指纹图谱构建[J]. 东北林业大学学报, 2015,43(3): 70-74.
    [25] ZHANG J G,TIAN R,CHEN Q L, et al.Establishment of molecular ID for Pyrus based on SSR markers [J]. Journal of Huazhong Agricultural University, 2014,33(1): 12-17.
    [26] 李建武,李宁. SSR标记变性聚丙烯酰胺凝胶快速银染方法的建立[J]. 中国马铃薯, 2015,29(3): 136-140.
    [27] GAO Y,TIAN L M, LIU F Z, et al.Using the SSR fluorescent labeling to establish SSR fingerprints for 92 cultivars in Pyrus [J]. Acta Horticulturae Sinica, 2012,39(8): 1437-1446.
    [28] 王蕊,田红丽,王凤格,等. 玉米DNA指纹鉴定中两种SSR数据分析软件GeneMapper和GeneMarker的应用比较[J/OL]. 分子植物育种(网络版),2012,10:1171-1178.
    [29] QIU Y, LI X X, LI Q X,et al.Establishment of the molecular identification for radishgermplasm using SSR markers[J]. Journal of Plant Genetic Resources, 2014,15(3): 648-654.
    [30] BOTSTEIN D, WHITE R L, SKOLNICK M, et al. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms.[J]. American Journal of Human Genetics, 1980, 32(3): 314-331.
    [31] 程本义,夏俊辉,龚俊义,等. SSR荧光标记毛细管电泳检测法在水稻DNA指纹鉴定中的应用[J]. 中国水稻科学, 2011,25(6): 672-676.
    [32] MA L Y,KONG D C,LIU H B, et al.Construction of SSR fingerprint on 36 Chinese Jujube cultivars[J].Acta Horticulturae Sinica, 2012,39(4): 647-654.
    [33] 张靖国,田瑞,陈启亮,等. 基于SSR标记的梨栽培品种分子身份证的构建[J]. 华中农业大学学报,2014,33(1): 12-17.
    [34] 高源,田路明,刘凤之,等. 利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱[J]. 园艺学报, 2012,39(8): 1437-1446.
    [35] 邱杨,李锡香,李清霞,等. 利用SSR标记构建萝卜种质资源分子身份证[J]. 植物遗传资源学报, 2014,15(3): 648-654.
    [36] 麻丽颖,孔德仓,刘华波,等. 36份枣品种SSR指纹图谱的构建[J]. 园艺学报, 2012,39(4): 647-654.
  • [1] 毛秀红, 朱士利, 李善文, 华辉, 田书勇, 仲伟国, 董玉峰, 安新民.  基于荧光SSR标记的毛白杨核心种质构建 . 北京林业大学学报, 2020, 42(7): 40-47. doi: 10.12171/j.1000-1522.20190413
    [2] 张建军, 陈莉祺, 李建光, 孙苗, 范永明, 于晓南.  芍药根茎解剖结构特征及生长轮分析 . 北京林业大学学报, 2020, 42(5): 124-131. doi: 10.12171/j.1000-1522.20190096
    [3] 洪文娟, 郝兆祥, 刘康佳, 罗华, 毕润霞, 苑兆和, 宗世祥, 王君.  基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定 . 北京林业大学学报, 2019, 41(8): 38-47. doi: 10.13332/j.1000-1522.20190167
    [4] 王世杰, 王雪婷, 杜向前, 陈洪刚, 张会恰, 杨敏生.  基于SSR标记的杨树新品种鉴定及核心引物筛选 . 北京林业大学学报, 2019, 41(7): 101-110. doi: 10.13332/j.1000-1522.20190110
    [5] 张妹, 何正权, 马江, 桑子阳, 朱仲龙, 张德春, 马履一, 陈发菊.  基于SSR和SRAP标记的红花玉兰品种遗传关系分析及分子鉴定 . 北京林业大学学报, 2019, 41(9): 69-80. doi: 10.13332/j.1000-1522.20190204
    [6] 万映伶, 刘爱青, 张孔英, 刘燕.  菏泽和洛阳芍药品种资源表型多样性研究 . 北京林业大学学报, 2018, 40(3): 110-121. doi: 10.13332/j.1000-1522.20170380
    [7] 王玉蛟, 高岚, 杨勇, 于晓南.  基于花色表型的芍药品种数量分类研究 . 北京林业大学学报, 2018, 40(7): 96-103. doi: 10.13332/j.1000-1522.20170391
    [8] 宋朝伟, 于晓南.  2个芍药品种不同花器官香气成分分析 . 北京林业大学学报, 2017, 39(2): 92-99. doi: 10.13332/j.1000-1522.20160198
    [9] 刘建鑫, 杨柳慧, 魏冬霞, 于晓南.  芍药属组内组间杂交及部分后代核型分析与SSR鉴定 . 北京林业大学学报, 2017, 39(4): 72-78. doi: 10.13332/j.1000-1522.20160181
    [10] 吴静, 成仿云, 庞利铮, 钟原, 蔡长福.  紫斑牡丹表型性状与SSR分子标记的关联分析 . 北京林业大学学报, 2016, 38(8): 80-87. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150377
    [11] 刘建鑫, 于晓南.  芍药与牡丹远缘杂交花粉萌发与花粉管生长行为观察 . 北京林业大学学报, 2016, 38(9): 80-86. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150439
    [12] 韩婧, 吴益, 赵琳, 艾云苾, 刘燕, 高荣孚.  光周期对促成栽培芍药生长开花和叶绿素荧光动力学影响 . 北京林业大学学报, 2015, 37(9): 62-69. doi: 10.13332/j.1000-1522.20140418
    [13] 李田, 郭俊娥, 郑成淑, 孙霞, 孙宪芝.  菊花品种的遗传多样性分析及CDDP指纹图谱构建 . 北京林业大学学报, 2014, 36(4): 94-101. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.04.018
    [14] 于晓南, 季丽静, 王琪.  芍药属植物分子水平遗传多样性研究进展 . 北京林业大学学报, 2012, 34(3): 130-136.
    [15] 张肖娟, 孙振元.  地锦属野生种及栽培品种的ISSR分析鉴定 . 北京林业大学学报, 2011, 33(6): 177-180.
    [16] 宋跃朋, 江锡兵, 张曼, 王泽亮, 薄文浩, 安新民, 张志毅.  杨树Genomic--SSR与EST--SSR分子标记遗传差异性分析 . 北京林业大学学报, 2010, 32(5): 1-7.
    [17] 王吉凤, 李青, 孟会.  5个芍药品种愈伤组织诱导及分化研究 . 北京林业大学学报, 2010, 32(3): 213-216.
    [18] 李秉玲, 尚晓倩, 刘燕.  芍药花粉超低温保存4年后的生活力检测 . 北京林业大学学报, 2008, 30(6): 145-147.
    [19] 李瑞, 袁怀文, 颜绍馗, 张璧光, 王费新, 王芳, 何亚平, 黄荣凤, 胡胜华, 殷亚方, 张莉俊, 吴彩燕, 杨平, 魏潇潇, 胡万良, 白岗栓, 郑小贤, 张洪江, 毛俊娟, 秦爱光, 邓小文, 周永学, 高黎, 刘杏娥, 杜社妮, 汪思龙, 乔建平, 罗晓芳, 戴思兰, 王兆印, 孙向阳, 常旭, 王胜华, 费世民, 张克斌, 崔赛华, 张岩, 谭学仁, 王正, 樊军锋, 李猛, 王小青, 刘燕, NagaoHirofumi, 赵天忠, 王晓欢, 江泽慧, 韩士杰, 张双保, 孔祥文, 张旭, , KatoHideo, 张占雄, 陈放, 范冰, 江玉林, 徐嘉, 龚月桦, 王海燕, 刘云芳, 李昀, 李华, 高荣孚, 杨培华, 刘秀英, 陈宗伟, 丁磊, 陈秀明, IdoHirofumi, 常亮, , 李晓峰, 李媛良, 任海青, 侯喜录, 郭树花, 费本华, 蒋俊明, , 高建社, 陈学平, 张桂兰, 徐庆祥, , 薛岩, 张代贵, 李考学, 王晓东, 金鑫, 续九如, , 刘永红, 涂代伦, 李雪峰, , 张红丽, 丁国权, , .  芍药切花贮存过程中抗氰呼吸变化及其作用的研究 . 北京林业大学学报, 2007, 29(6): 206-210.
    [20] 颜容, 范丙友, 谭伟, 肖生春, 徐双民, 张宇清, 孙晓梅, 杨振德, 王玉杰, 南海龙, 高峻, 时尽书, 陈文汇, 张冰玉, 吕建雄, 金小娟, 翟明普, 李绍才, 朱教君, 潘存德, 窦军霞, 李发东, 胡晓丽, 李世东, 韩海荣, 三乃, 刘红霞, 朱清科, 田小青, 康宏樟, 师瑞峰, 肖洪浪, 孙海龙, 王云琦, 张守攻, 张一平, 胡诗宇, 周春江, 李建章, 刘俊昌, 冯仲科, 苏晓华, 孟平, 骆秀琴, 谢益民, 宋献方, 张雁, 杨志荣, 吴斌, 陆海, 赵博光, 姜伟, 赵双菊, 马钦彦, 蔡怀, 周文瑞, 蒋佳荔, 李智辉, 齐实, 李义良, 刘昌明, 王笑山, 齐实, 岳良松, 蒋湘宁, 于静洁, 葛颂, 张永安, 姚山, 蒲俊文, 张岩, 张德荣, 朱金兆, 伊力塔, 赵有科, 宋清海, 何磊, 张劲松, 齐力旺, 褚建民, 杨聪, 马超德, 曲良建, 石丽萍, 康峰峰, 崔保山, 吴庆利, 刘元, 吕守芳, 朱林峰, 刘鑫宇, 刘相超, 王建华, 王玉珠, 田颖川, 胡堃, 唐常源.  三倍体毛白杨无性系的AFLP分子标记鉴定 . 北京林业大学学报, 2006, 28(2): 9-14.
  • 加载中
计量
  • 文章访问数:  550
  • HTML全文浏览量:  82
  • PDF下载量:  13
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2015-09-22
  • 修回日期:  2015-09-22
  • 刊出日期:  2016-06-30

利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证

doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
    基金项目:

    北京市科委计划项目(D161100001916004)

    作者简介:

    张嘉。主要研究方向:园林植物资源与育种。Email:jzbjfu@163.com 地址:100083北京市海淀区清华东路35号北京林业大学园林学院。

    通讯作者: 刘燕,教授,博士生导师。主要研究方向:园林植物资源与育种。Email:chbly@sohu.com 地址:同上。

摘要: 为了开发芍药品种分子鉴定方法,本研究采用SSR标记技术,在目前芍药SSR引物开发较少的情况下,采用文献相关引物84对,并结合自行设计的27对引物,将6%非变性聚丙烯酰胺凝胶与四重荧光毛细管电泳技术相结合,从111对引物中筛选出29对扩增稳定、多态性高的核心引物;共检测到223个SSR等位位点,平均每对引物为7.69个,有效等位基因数(Ne)为3.658±0.328,Shannon多样性指数(I)为1.371±0.104,观测杂合度(Ho)为0.532±0.045,期望杂合度(He)为0.645±0.036,多态性信息含量PIC值介于0.20~0.84,平均0.60。基于最少引物鉴定最多种质的原则,按照PIC值由高到低顺序串联排序的方式,最终筛选出4对SSR引物(Pmg153、Knu73、Pmg209、J38)。结果表明:筛选出的4对SSR引物组合可以有效鉴定66个芍药品种;采用个位数字和大写英文字母结合对不同带型进行编码,成功绘制了66个中国传统芍药品种的分子身份证。本研究为芍药品种鉴定提供了一种快速、准确与高效的分子检测方法,也有助于中国传统芍药品种的遗传改良与芍药新品种保护。

English Abstract

张嘉, 刘爱青, 张淑玲, 解莹然, 刘燕. 利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
引用本文: 张嘉, 刘爱青, 张淑玲, 解莹然, 刘燕. 利用荧光标记SSR绘制中国芍药品种分子身份证[J]. 北京林业大学学报, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
ZHANG Jia, LIU Ai-qing, ZHANG Shu-ling, XIE Ying-ran, LIU Yan. Using the SSR with fluorescent labeling to establish SSR molecular ID code for cultivars of the Chinese herbaceous peony[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
Citation: ZHANG Jia, LIU Ai-qing, ZHANG Shu-ling, XIE Ying-ran, LIU Yan. Using the SSR with fluorescent labeling to establish SSR molecular ID code for cultivars of the Chinese herbaceous peony[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2016, 38(6): 101-109. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150349
参考文献 (36)

目录

    /

    返回文章
    返回