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核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用

陈凌娜 马庆国 张俊佩 周贝贝 裴东

陈凌娜, 马庆国, 张俊佩, 周贝贝, 裴东. 核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用[J]. 北京林业大学学报, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008
引用本文: 陈凌娜, 马庆国, 张俊佩, 周贝贝, 裴东. 核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用[J]. 北京林业大学学报, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008
CHEN Ling-na, MA Qing-guo, ZHANG Jun-pei, ZHOU Bei-bei, PEI Dong. Development of BAC-SSR markers in walnut and its application in genetic diversity analysis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008
Citation: CHEN Ling-na, MA Qing-guo, ZHANG Jun-pei, ZHOU Bei-bei, PEI Dong. Development of BAC-SSR markers in walnut and its application in genetic diversity analysis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008

核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用

doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008

Development of BAC-SSR markers in walnut and its application in genetic diversity analysis

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出版历程
  • 刊出日期:  2014-10-31

核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用

doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008

摘要: 从NCBI 数据库全部已知核桃MboI 基因组BAC 文库克隆中下载22 740 条末端序列(BAC end sequences, BES)。应用MISA 软件搜索获得SSR 位点4 732 个,平均每2.8 kb 出现1 个SSR。在含有单个SSR 的BES 中,1 ~3 个核苷酸重复的类型占SSR 总数的96.86%,A/ T、AT/ AT、ATT/ AAT 分别为最丰富的单核苷酸、2 核苷酸和3 核苷 酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR 设计合成50 对引物,从中筛选出多态性引物33 对,其中19 对引物扩增 出1 或2 个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19 对引物对20 份核桃属不同种的基因型进行SSR 分析,结果表 明,每对引物检测到2 ~9 个多态性位点,平均多态性位点5.4 个;其中17 个位点的多态信息含量高于0.5,总平均 值为0.662,多态性较高。聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。因此,BES-SSR 是一类多态 性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR 引物。

English Abstract

陈凌娜, 马庆国, 张俊佩, 周贝贝, 裴东. 核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用[J]. 北京林业大学学报, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008
引用本文: 陈凌娜, 马庆国, 张俊佩, 周贝贝, 裴东. 核桃BES-SSR 的开发及在遗传多样性分析中的应用[J]. 北京林业大学学报, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008
CHEN Ling-na, MA Qing-guo, ZHANG Jun-pei, ZHOU Bei-bei, PEI Dong. Development of BAC-SSR markers in walnut and its application in genetic diversity analysis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008
Citation: CHEN Ling-na, MA Qing-guo, ZHANG Jun-pei, ZHOU Bei-bei, PEI Dong. Development of BAC-SSR markers in walnut and its application in genetic diversity analysis[J]. Journal of Beijing Forestry University, 2014, 36(6): 24-29. doi: 10.13332/j.cnki.jbfu.2014.06.008

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