杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析

李昊阳; 施杨; 丁亚娜; 徐吉臣

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杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析

北京林业大学林木育种国家工程实验室

Bioinformatics analysis of expansin gene family in poplar genome.

National

摘要: 扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基因家族包含36 个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB 和EXLA 4 个亚家族。系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9 种不同的内含子起源模式以及6 个高频密码子。基因表达分析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/ 器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。研究结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。
- 杨树
- / 扩展蛋白
- / 细胞壁
- / 基因家族
- / 生物信息学
Abstract: As an important component of plant cell wall, expansins widely present in plant genome and have unique loosening冶effects and are thought to function in plant growth, development, plant resistance, etc. Whole genome sequencing of poplar reveals it containing 36 expansin genes classified in to 4 subfamilies (EXPA, EXPB, EXLA and EXLB). Systematic bioinformatics analysis showed that poplar expansin genes had the conserved apparent sequence features and stable protein structure. It obviously displayed 9 different introns originate modes and 6 high-frequency codons. Transcriptome analysis showed that the expansin genes expressed highly in poplar wood forming tissues or organs, and were associated with the reproductive development. The results here displayed the basic information of poplar expansin superfamily which could be a good platform for the gene function study in future.
- poplar
- / expansin
- / cell wall
- / gene family
- / bioinformatics

[1]	徐筱 , 徐倩 , 张kai , 徐吉臣 . 植物扩展蛋白基因的研究进展. 北京林业大学学报, 2010, 7(5): 154-162.
[2]	刘妍婧 , 王彩玲 , 陆海 , 杨海灵 . 杨树14--3--3基因家族的分子进化及表达模式研究. 北京林业大学学报, 2010, 7(3): 1-7.
[3]	王传贵 , 江泽慧 , 费本华 , 余雁 , 张双燕 . 化学成分对木材细胞壁纵向弹性模量和硬度的影响. 北京林业大学学报, 2012, 9(3): 107-110.
[4]	林兰英 , 傅峰 . 强化复合木材细胞壁的纳米压痕测试分析. 北京林业大学学报, 2012, 9(5): 139-143.
[5]	徐筱 , 黄炳如 , 徐吉臣 . 翦股颖AsEXP1基因的抗旱性分析. 北京林业大学学报, 2010, 7(5): 126-131.
[6]	栾嘉豫 , 安琳君 , 任丽 , 李慧玉 . 白桦BpTCP2基因的克隆及表达特性分析. 北京林业大学学报, 2019, 41(8): 57-66. doi: 10.13332/j.1000-1522.20180430
[7]	王丹 , 安轶 , 韩潇 , 周扬颜 , 王厚领 , 郭惠红 , 夏新莉 , 尹伟伦 . 超表达杨树RPEase基因促进了拟南芥的生长发育. 北京林业大学学报, 2016, 13(5): 67-76. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150507
[8]	王俊秀 , 周扬颜 , 韩潇 , 安轶 , 郭惠红 , 夏新莉 , 尹伟伦 , 刘超 . 超表达杨树SBPase基因促进拟南芥光合作用及营养生长. 北京林业大学学报, 2018, 40(3): 26-33. doi: 10.13332/j.1000-1522.20170436
[9]	梁军 , 王媛 , 张星耀 , . 杨树与溃疡病菌互作中过氧化物酶的细胞化学定位. 北京林业大学学报, 2008, 5(6): 107-111.
[10]	王璐 , 李百炼 , 张金凤 , 张德强 . 美洲黑杨木质素生物合成转录因子PdLim1基因的克隆、表达及植物表达载体构建. 北京林业大学学报, 2009, 6(6): 1-8.
[11]	王小丹 , 赵晓松 , 戴松香 , 李黎 , 黄华国 , 郭明辉 , 贺庆棠 , 高岩 , 邵海荣 , 李雪玲 , 田晶会 , 曹世雄 , 张德荣 , 董运斋 , 黄荣凤 , 王瑞刚 , 华丽 , 马宇飞 , 关德新 , 闫丽 , 张晓丽 , 于志明 , 陈少良 , 贺康宁 , 古川郁夫 , 王四清 , 金幼菊 , 李俊清 , 习宝田 , 贺庆棠 , 阎海平 , 李文彬 , 冷平生 , 陈斌如 , 陈少良 , 邹祥旺 , 任云卯 , 杨永福 , 刘力源 , 阎海平 , 李建章 , 王百田 , 高双林 , 高攀 , 鲍甫成 , 吴家兵 , 李海英 , 陈莉 , 王蕾 , 侯智 , 赵有科 , 陈华君 , 金昌杰 , 郝志勇 , 侯智 , 金小娟 , 张卫强 , 陈源泉 , 程根伟 , 王金满 , 韩士杰 , 杜建军 , 翁海娇 , 李涛 , 尹婧 , 高旺盛 , 李鹤 , 赵琼 , 杨爽 , 段杉 . 盐胁迫下3种杨树的抗氧化能力与耐盐性研究. 北京林业大学学报, 2005, 2(3): 47-52.
[12]	胡晓丽 , 潘存德 , 谭伟 , 张宇清 , 杨振德 , 翟明普 , 范丙友 , 时尽书 , 陈文汇 , 朱教君 , 徐双民 , 金小娟 , 窦军霞 , 高峻 , 李发东 , 李绍才 , 张冰玉 , 王玉杰 , 吕建雄 , 颜容 , 南海龙 , 李世东 , 肖生春 , 孙晓梅 , 骆秀琴 , 张一平 , 冯仲科 , 孙海龙 , 谢益民 , 周春江 , 朱清科 , 刘红霞 , 肖洪浪 , 刘俊昌 , 苏晓华 , 李建章 , 田小青 , 师瑞峰 , 三乃 , 康宏樟 , 韩海荣 , 孟平 , 王云琦 , 宋献方 , 张守攻 , 胡诗宇 , 蔡怀 , 齐实 , 张雁 , 杨志荣 , 岳良松 , 李智辉 , 赵博光 , 周文瑞 , 吴斌 , 赵双菊 , 李义良 , 齐实 , 马钦彦 , 姜伟 , 蒋佳荔 , 王笑山 , 刘昌明 , 陆海 , 蒲俊文 , 张永安 , 葛颂 , 蒋湘宁 , 张劲松 , 伊力塔 , 赵有科 , 齐力旺 , 于静洁 , 姚山 , 宋清海 , 张岩 , 张德荣 , 何磊 , 朱金兆 , 杨聪 , 刘元 , 曲良建 , 崔保山 , 吴庆利 , 吕守芳 , 石丽萍 , 康峰峰 , 褚建民 , 马超德 , 王建华 , 刘鑫宇 , 朱林峰 , 王玉珠 , 刘相超 , 田颖川 , 胡堃 , 唐常源 . 转抗鞘翅目害虫基因银腺杨的获得及其抗虫性的初步研究. 北京林业大学学报, 2006, 3(2): 102-105.
[13]	李代丽 , 商静 , 田菊 , 宋连君 , 刘春和 , 李迎春 , 康向阳 , 王君 . 青黑杨杂种三倍体花粉母细胞减数分裂染色体行为及其花粉变异研究. 北京林业大学学报, 2019, 41(7): 75-82. doi: 10.13332/j.1000-1522.20190099
[14]	孙迪 , 关德新 , 袁凤辉 , 王安志 , 金昌杰 , 吴家兵 . 辽西农林复合系统中杨树水分耗散规律. 北京林业大学学报, 2010, 7(4): 114-120.
[15]	康向阳 . 关于杨树多倍体育种的几点认识. 北京林业大学学报, 2010, 7(5): 149-153.
[16]	杨爱国 , 付志祥 , 王玲莉 , 肖凤祥 , 王利 , 范鹏辉 , 张建秋 . 科尔沁沙地杨树水分利用策略. 北京林业大学学报, 2018, 40(5): 63-72. doi: 10.13332/j.1000-1522.20170430
[17]	席本野 . 杨树根系形态、分布、动态特征及其吸水特性. 北京林业大学学报, 2019, 41(12): 37-49. doi: 10.12171/j.1000-1522.20190400
[18]	刘炳梅 , 齐芪 , 刘淑欣 , 晁楠 , 蒋湘宁 , 盖颖 . 5种杨树苗期形态及生理结构特征比较初探. 北京林业大学学报, 2015, 12(6): 35-44. doi: 10.13332/j.1000-1522.20150063
[19]	陈波 , 鲁绍伟 , 李少宁 . 不同优势等级杨树人工林吸收臭氧特征. 北京林业大学学报, 2015, 12(7): 29-36. doi: 10.13332/j.1000-1522.20140012
[20]	宋跃朋 , 江锡兵 , 张曼 , 王泽亮 , 薄文浩 , 安新民 , 张志毅 . 杨树Genomic--SSR与EST--SSR分子标记遗传差异性分析. 北京林业大学学报, 2010, 7(5): 1-7.

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杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析

北京林业大学林木育种国家工程实验室

网络出版日期: 2014-03-31

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摘要: 扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基因家族包含36 个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB 和EXLA 4 个亚家族。系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9 种不同的内含子起源模式以及6 个高频密码子。基因表达分析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/ 器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。研究结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。

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