杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析

李昊阳; 施杨; 丁亚娜; 徐吉臣

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杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析

1.
北京林业大学林木育种国家工程实验室

Bioinformatics analysis of expansin gene family in poplar genome.

1.
National

摘要: 扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基因家族包含36 个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB 和EXLA 4 个亚家族。系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9 种不同的内含子起源模式以及6 个高频密码子。基因表达分析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/ 器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。研究结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。
- 杨树 /
- 扩展蛋白 /
- 细胞壁 /
- 基因家族 /
- 生物信息学
Abstract: As an important component of plant cell wall, expansins widely present in plant genome and have unique loosening冶effects and are thought to function in plant growth, development, plant resistance, etc. Whole genome sequencing of poplar reveals it containing 36 expansin genes classified in to 4 subfamilies (EXPA, EXPB, EXLA and EXLB). Systematic bioinformatics analysis showed that poplar expansin genes had the conserved apparent sequence features and stable protein structure. It obviously displayed 9 different introns originate modes and 6 high-frequency codons. Transcriptome analysis showed that the expansin genes expressed highly in poplar wood forming tissues or organs, and were associated with the reproductive development. The results here displayed the basic information of poplar expansin superfamily which could be a good platform for the gene function study in future.
- poplar /
- expansin /
- cell wall /
- gene family /
- bioinformatics

[1]	商静, 薛胤轩, 宋连君, 刘春和, 李代丽, 张恒月, 冯旭清, 王君. 青黑杨全同胞杂种功能叶片及气孔性状变异的倍性、基因型和性别效应解析 . 北京林业大学学报, 2020, 42(9): 11-18. doi: 10.12171/j.1000-1522.20200095
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[3]	席本野. 杨树根系形态、分布、动态特征及其吸水特性 . 北京林业大学学报, 2019, 41(12): 37-49. doi: 10.12171/j.1000-1522.20190400
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[5]	栾嘉豫, 安琳君, 任丽, 李慧玉. 白桦BpTCP2基因的克隆及表达特性分析 . 北京林业大学学报, 2019, 41(8): 57-66. doi: 10.13332/j.1000-1522.20180430
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[10]	林兰英, 傅峰. 强化复合木材细胞壁的纳米压痕测试分析 . 北京林业大学学报, 2012, 34(5): 139-143.
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[13]	孙迪, 关德新, 袁凤辉, 王安志, 金昌杰, 吴家兵. 辽西农林复合系统中杨树水分耗散规律 . 北京林业大学学报, 2010, 32(4): 114-120.
[14]	徐筱, 黄炳如, 徐吉臣. 翦股颖AsEXP1基因的抗旱性分析 . 北京林业大学学报, 2010, 32(5): 126-131.
[15]	刘妍婧, 王彩玲, 陆海, 杨海灵. 杨树14--3--3基因家族的分子进化及表达模式研究 . 北京林业大学学报, 2010, 32(3): 1-7.
[16]	徐筱, 徐倩, 张kai, 徐吉臣. 植物扩展蛋白基因的研究进展 . 北京林业大学学报, 2010, 32(5): 154-162.
[17]	王璐, 李百炼, 张金凤, 张德强. 美洲黑杨木质素生物合成转录因子PdLim1基因的克隆、表达及植物表达载体构建 . 北京林业大学学报, 2009, 31(6): 1-8.
[18]	梁军, 王媛, 张星耀, . 杨树与溃疡病菌互作中过氧化物酶的细胞化学定位 . 北京林业大学学报, 2008, 30(6): 107-111.
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杨树扩展蛋白基因家族的生物信息学分析

1. 北京林业大学林木育种国家工程实验室

刊出日期: 2014-03-31

关键词:

杨树 /

扩展蛋白 /

细胞壁 /

基因家族 /

生物信息学

摘要: 扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基因家族包含36 个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB 和EXLA 4 个亚家族。系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9 种不同的内含子起源模式以及6 个高频密码子。基因表达分析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/ 器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。研究结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。

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